Dentro de la devoción mariana de los naucalpenses, sin duda alguna la Virgen de los Remedios tiene un lugar preponderante. Su llegada a estas tierras está ligada a uno de los capítulos más conocidos de la historia nacional, como lo fue  la  huida de Cortés de la ciudad de  Tenochtitlan hacia Tlaxcala el 30 de junio de 1520,  mayormente  conocida como “La noche triste”.  

Las leyendas acerca de la llegada de la virgen son muy conocidas, y en cierta medida todas convergen en que el soldado don Juan de Rodríguez de Villafuerte, quien estaba casado con una hermana de la esposa de propio Cortés traía consigo la imagen de la Virgen de los Remedios en una cajita de hojalata; la había recibido de manos de su hermano, quien también era soldado y había participado en batallas de Italia y Alemania, donde siempre recibió la protección de la imagen mariana.

En 1535, la imagen fue descubierta por el indio Juan de Tovar del pueblo de San Juan Totoltepec, llamado en la gentilidad Ce Quautzin. Su hija fue quien en mayor medida proporcionó la información a fray Juan de Cisneros acerca de este acontecimiento en 1616, entre dichas anécdotas narró cómo su padre encontró a la virgen al pie de la magueyera en el paraje de Otoncalpulco y la trasladó directamente a su casa, como si hubiera  encontrado un gran tesoro. Posteriormente, Juan de Tovar acudió con los frailes del Convento de San Gabriel en Tacuba, para hacerles saber de su hallazgo  y de las muchas veces que la imagen regresaba por si misma al lugar donde fue encontrada.

El contramaestre  Álvaro de Treviño consideró que era necesario hacerle una ermita dentro del mismo pueblo de San Juan Totoltepec, donde pudiera recibir mejor veneración que en la casa de don Juan de Tovar. A mediados  de 1550 los indios de San Juan Totoltepec construyeron una ermita de gran sencillez para alojar a la virgen, la  nueva ermita permaneció de esta forma hasta el año de 1574, año en que el Cabildo de la Ciudad de México tuvo conocimiento de la precaria construcción que daba albergue a la Virgen de los Remedios, la misma que había sido olvidada por don Juan de Villa Fuerte. Tomaron entonces la decisión de construir un recinto más adecuado en el mismo lugar donde la imagen había sido encontrada, el cerro de Otoncalpulco. Asimismo, el cabildo acordó hacer también una residencia para el capellán. El primero de ellos fue don Félix de Peñafiel. Desde que se fundó la nueva ermita, la Ciudad de México acudió a esta advocación mariana para pedir favores por los frecuentes problemas que enfrentaba la sociedad en esos años: en casos de epidemias, escasez de aguas o inundaciones, la imagen de la conquistadora era conducida a la capital, a fin de realizar rogaciones y novenarios por diversos templos de la capital. 

Uno de los más grandes problemas que se tuvieron a lo largo de la historia del santuario fue el del agua destinada a los habitantes y visitantes de la ermita. Dada su localización en la punta de un alto cerro, no fue fácil su conducción. El abastecimiento de agua para el templo de los Remedios siempre fue un problema, dada la ubicación en la cima del cerro, por este motivo el 26 de octubre de 1616, el Virrey don Diego Fernández de Córdova otorgó la merced de una naranja de agua para la limpieza de dicha ermita y para el sustento de los habitantes y visitantes; el líquido se tomaría del ojo de agua que nacía en el pueblo de San Francisco Chimalpa y que distaba del cerro legua y media, esta se debía encañar por lo que se hizo necesaria la construcción del acueducto.

Dicha construcción inició en 1620. Se edificaron dos sifones que evitarían que entrara el aire por el acueducto para no interrumpir el curso del agua; estos sifones, conocidos coloquialmente como “Caracoles”, tienen un diámetro en la base de ocho metros por 23 metros de altura. Sin embargo, este primer intento de llevar agua a lo alto del cerro no funcionó. En la segunda mitad del siglo XVIII, el agua continuaba siendo un gran problema para los visitantes del santuario por lo que se proyectó una nueva obra. Este trabajo estuvo bajo la dirección del ingeniero Ricardo Aylmer y del Maestro Mayor de Arquitectura Ildefonso Iniestra Bejarano. El nuevo plan tenía como objetivo salvar la hondonada que impedía llevar el líquido mediante la construcción de unos arcos de cantera sólida, para llevar el agua a una zona muy cercana al santuario. Don Antonio de Baeza fue el Maestro de Obras, las cuales comenzaron el 29 de mayo de 1765 y se concluyeron el 17 de diciembre. No obstante lo llamativo de la obra, su inutilidad muy pronto se manifestó, de manera que tanto los arcos como los caracoles quedaron como mudos testigos de los vanos esfuerzos por llevar agua a los creyentes. La obra consta de 50 arcos de medio punto, el más alto de ellos mide 16 metros, con claros de 6.70 metros. Sus pilares miden 2.05 metros de frente y 1.70 metros de espesor, el acueducto es de cantera y mide 500 metros de largo. 

El acueducto y el hermoso templo  de nuestra señora de los Remedios son joyas del patrimonio histórico de nuestro municipio, su belleza arquitectónica, al igual que su anecdotario histórico, han hecho de éstas un baluarte iconográfico que identifica y distingue al  municipio de Naucalpan.